防治措施如下：

园艺防治提倡使用腐熟有机肥；加强管理，实行轮作；合理灌溉，尽量避免盆土过湿或雨后积水；在菊花定植前施行药剂防治，用土壤菌虫双杀或116菌肥对土壤进行消毒。

菊花烂根可能感染菊花镰孢枯萎病毒。可以在发病初期施用百分之五十多菌灵可湿性粉剂五百倍液，每株取一百毫升灌根，七至十天施用一次，连用两到三次。