华南农业大学水利与土木工程学院于2005年4月正式成立。水利与土木工程学院溯源于1985 年在农业工程系开设的农业建筑与环境工程专科专业，1989年开设工业与民用建筑本科专业，在1998年教育部专业调整中，改为土木工程专业。

目前学院本科教育共设置水利水电工程系、土木工程系、建筑学系、工程管理系，有土木工程和水利水电工程两个专业，其中土木工程专业分设建筑与景观设计方向、工程管理方向。此外，学院现有农业水土工程、农业生物环境与能源工程专业在读硕士、博士研究生共20多名。根据社会需求和现有条件，争取在2010年前，本科教育再申报建筑景观设计、工程管理、农业水利工程3个新专业，研究生教育力争申报水文学及水资源、工程力学专业的硕士授权点。

学院培养的毕业生主要在政府相关部门、教育部门和企业单位等从事房屋建筑设计、土木工程施工、管理、科研、教育、投资和开发等方面工作。