孙传庭在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。西安周围原屯积军队2、4万，田地二万余项，后来田地都归属于豪门，兵丁只是虚设在花名册上。孙传庭接管这里后，经过治理，得士卒1、1万，年收税计银14、5万两，米麦1、35万石；镇压农民军，俘杀高迎祥，孙传庭又乘胜在渭南和咸阳北原打了两个大胜仗，一时声誉鹊起；孙传庭折衷了兵部"堵截正面，固守商洛"的议定，派重兵扼守商洛一带的战略要地。当大天王率领的民军进袭庆阳、宝鸡时，孙传庭迅速回师在合水将其击败。

孙传庭自万历四十七年中进士至崇祯十六年兵败身亡的25年间，他由永城知县，逐步升至兵部尚书，统领七省军务，先后参与并主持了数十次对明末民军的镇压活动，深得明廷赏识。不论是在"四正六隅"的联合围剿中，还是在"汛守要隘"的单独行动中，他都以其独有的狡黠、多谋、果断，使农民起义军多次处境艰险，成为明廷手中一张不可多得的王牌。