品种不同、外形不同、成分不同。

1、品种不同

花椒：属于芸香目芸香科下的花椒属植物，其果实呈圆形，绿豆大小，全株可做入药，可食用。

胡椒：属于胡椒目，胡椒科、胡椒属木质攀援藤本，果实为圆形的浆果，可食部仅仅为浆果。

2、外形不同

花椒：生时为青色，成熟后为红色。

胡椒：生时为青色，成熟后取其籽为乳白色。

3、成分不同

花椒：主要调味成分是其含有的挥发性的烯类物质，包括柠檬烯、香桧烯、月桂烯、紫苏烯等。

胡椒：主要增香调味成分是其含有的植物碱和胺类成分，包括胡椒碱，胡椒酰胺，次胡椒酰胺，胡椒亭碱，胡椒油碱B，几内亚胡椒酰胺，假荜茇酰胺A等。