核酸杂交的分子基础是：碱基互补配对原则。

碱基互补配对原则指的是在DNA或某些双链RNA分子结构中，由于碱基之间的氢键具有固定的数目和DNA两条链之间的距离保持不变，使得碱基配对必须遵循一定的规律，这就是腺嘌呤一定与胸腺嘧啶，在RNA中与尿嘧啶配对，鸟嘌呤一定与胞嘧啶配对，反之亦然。