农业水利工程专业是河海大学的传统优势专业。该专业传承五十余年办学的优良传统，依托河海大学水利、岩土、力学等国家重点学科，坚持为水利、农业等部门基层单位培养高级技术人才的专业定位，培养从事灌溉、排水工程的勘测、规划、设计、施工、管理和科学研究工作，并兼顾城镇规划、工业民用建筑、乡镇供水工作的高级工程技术人才。本专业毕业生具有“基础扎实、知识面宽、适应性强”的特点，在国内享有很高声誉，总体水平国内一流。

主要课程有材料力学、水力学、土力学、结构力学、工程经济、农田水利学、水工建筑物、水泵及水泵站、水电站、水土资源规划与管理、钢筋混凝土结构、房屋建筑、城镇供排水等。

此专业可在农业水土工程、水利水电工程、港口及航道工程、水安全与水灾害等水利学科，以及土木工程、交通工程、环境工程等相关工科学科，继续攻读硕士、博士学位。