航道局主要是负责航道的建设、维护、管理，保证航道安全畅通的事业单位，归交通厅管理.。而航道工程局一般是隶属交通部管理的企业。从性质上看，航道局是属于参照公务员管理的事业单位，而航道工程局则是属于企业。