南渡江、昌化江、万泉河为海南岛三大河流，集水面积均超过3000平方公里，三大河流流域面积占全岛面积的百分之四十七。

1、南渡江：发源于白沙县南峰山，斜贯岛中北部，流经白沙、琼中、儋州、澄迈、屯昌、定安、琼山等市县至海口市入海，全长311公里，流域面积7176、5平方公里。

2、昌化江：发源于琼中县空示岭，横贯岛中西部，流经琼中、保亭、乐东、东方等市县至昌化港入海，全长230公里，流域面积5070平方公里。

3、万泉河：上游分南北两支，分别发源于琼中县五指山和风门岭，两支流经琼中、万宁、屯昌等市县至琼海市龙江合口咀合流，至博鳌港入海，主流全长163公里，总集水面积3693平方公里。