微生物包括原核微生物（如细菌）、真核微生物（如真菌、藻类和原虫）和无细胞生物（如病毒）三类。

原核生物是指一类细胞核无核膜包裹，只有称作核区的裸露DNA的原始单细胞生物。它包括细菌、放线菌、立克次氏体、衣原体、支原体、蓝细菌和古细菌等。它们都是单细胞原核生物，结构简单，没有细胞器，个体微小，一般为1～10 µm，仅为真核细胞的十分之一至万分之一。

真核生物是一类细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等多种细胞器的生物。菌物界的真菌、黏菌，植物界中的显微藻类和动物界中的原生、后生动物等都是属于真核生物类的微生物，故称为真核微生物。