1、船舶工程专业：哈尔滨工程大学的传统优势专业，学科实力雄厚，承担和参与了大多数现役的海军各类水面舰船、常规潜艇、核潜艇、水中兵器等武器装备的研制，是我国发展海洋高技术的一支重要力量；

2、水声工程专业：源于1953年中国人民解放军军事工程学院海军工程系声呐专业，20世纪60年代，哈尔滨工程大学创建了我国第一个水声专业，现已成为我国水声行业高层次人才的主要培养基地；

3、自动化专业：全国前十，电气工程及其自动化，探测制导与控制技术；

4、核工程与核技术专业：目前设有核动力装置、核动力装置测试与控制两个培养方向，课程设置体现了以培养船用核动力设计和研究人才为主，兼顾核电站和常规电站运行人员的培养方针；

5、动力与能源工程专业：由中国人民解放军军事工程学院海军工程系的船舶动力装置专业发展而成。经过50多年的发展和建设，现已成为我国舰船动力领域人才培养的主要基地。