水中常见的微生物有非细胞生物即病毒和细胞生物两种类型。细胞生物又分为古菌，原核生物如细菌，放线菌，蓝细菌，支原体，立克次氏体，衣原体等，真核生物。真核生物分为藻类，真菌即酵母菌，霉菌，原生动物即肉足类，鞭毛类，纤毛类和微型后生动物。