物理过滤是水产养殖的术语。指用过滤棉、羊绒棉等滤材阻隔一部分不溶于水的颗粒，一般是鱼便、水草叶等，进入下一过滤环节的过滤称之为物理过滤。物理过滤很重要，硝化细菌不喜欢有许多粪便覆盖的环境，物理过滤越强大，生物过滤负担越小。活性炭也属于物理过滤材料。