原因如下:

1、两岸市场规模差距极大，且政治体制有别，此协议可能严重冲击，甚至引入带有政治企图的中国大陆企业攻占台湾服务业，但马英九政府从协议沟通、谈判到签署，始终未适当公开讯息，纳入台湾民间以及产业界的讨论意见，而采“先签后公布”的形式。

2、协议可能造成中国大陆管理人员借此协议合法来台工作与居留，时间可超过世界贸易组织待遇。合法来台居留的中国大陆管理人员无需负担公民义务即可享有各项公共服务与基础建设，特别是不经六个月等待期即可加保的超国民全民健保，并且他们为移居台湾所作的投资，于台湾累积经济资本、提升服务业技术方面，贡献不大，却可能为台湾带来巨大的社会成本以及政治、主权方面的冲击。