微生物指肉眼不能直接观察到的生物，如细菌，衣原体，支原体等，酶是活细胞中具有催化作用的物质，成分大多是蛋白质，少数是RNA。两者最大的区别是微生物是有生命特征的，是生物。而酶是没有生命特征的，是较为复杂的大分子有机化合物。