第四次忍界大战中，之后的修炼中，兜完全掌控了与大蛇丸相同的力量，身躯似乎已经和蛇的形态产生融合，以至于外貌像大蛇丸。他在泷隐村杀人取尸体后和带土对峙时，自称已经超越二代火影和大蛇丸，将宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都和长门秽土转生，并且以提供带土目前缺乏的战力来换取佐助交涉条件，对带土提议携手合作。带土本来因他以佐助为目标而想拒绝他。但兜在黑绝的帮助下找到了宇智波斑的尸体并秽土转生，最后带土被迫同意。交换条件是战争结果出炉前不能与佐助碰面，以及必须接受带土的监视。由于兜对转生者的束缚力不够，于是绑架前来侦查的御手洗红豆，并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以强化控制力。

其后，药师兜与宇智波佐助及用别天神摆脱秽土转生的宇智波鼬交战，兜在交战后被伊邪那美击败后，被宇智波鼬用幻术控制解除秽土转生，除了宇智波斑之外，所有被秽土转生的灵魂都已解除秽土转生，但是宇智波斑知道如何脱离秽土转生的控制，在秽土转生即将解除之际，终止了与转生者之间的通灵契约，才得以继续留在战场，随后以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式，取回自己的查克拉后与鹰小队同行。

兜最终重拾自我，终于脱离了鼬的伊邪那美，以仙人模式状态出现在战场，在二代火影的帮助下，用医疗忍术抢救佐助，让佐助能够再战宇智波斑。

由于兜已醒悟，并且曾在第四次忍界大战中抢救佐助，间接带来忍界大战的胜利，所以不用再被列入叛忍名单中。兜与儿时的伙伴乌鲁西一同在木叶开设了孤儿院，并担任院长，重兴当年养母的旧业。鸣人等人返回木叶后，将带回的一众克隆人“宇智波信”托付给了兜。