物质气化后以分子状态进入质谱仪，经过灯丝发射的电子轰击后，形成各种不同碎片，有的失去氢，有的失去一个基团，有的成为更小的碎片，碎片进入四极杆后，四极杆通过不同电的方向变换。碎片通过四极杆时，由于碎片质量和所带电核不同，其会随四极杆电方向变换而改变前进方向，带电碎片到达终点的时间不同，其方向变换也会过快或过慢的撞到四极杆而不能被检测，中间的碎片会按质荷比由小到大的顺序先后到达接受端，而被检测出。