1、首要问题：上游河床由于泥沙淤积而不断抬升，导致实际蓄水容量不断缩水，最终会容量枯竭；

2、移民安稳致富及促进库区经济社会发展，规划统筹考虑库区经济结构调整、社会发展转型和生态环境保护，提出“两调、一保、三完善”的综合措施；

3、库区生态环境建设与保护，规划以保护国家战略性淡水资源库为目标，将水库水域、消落区、生态屏障区和库区重要支流作为整体，建设生态环境保护体系，实施“控污、提载、抓重点”的综合措施；

4、库区地质灾害的预防和治理，规划着眼于完善地质灾害防治的长效机制建设，提出“预防为主、监测为要、避险搬迁为先、工程治理突出重点”的综合措施；

5、三峡工程综合效益的拓展，以洪水资源化，水库优化调度，供水效益拓展为主攻方向，拓展防洪、发电、航运效益及生态、水资源配置等效益，拓展其在国家水安全和电网运行安全等更大范围的战略保障能力。