1、黄连上清丸临床上使用时最主要的副作用是可能会产生过敏反应，例如皮肤荨麻疹、瘙痒性皮疹，另外还有一些胃肠道的副反应也比较常见，包括引起腹泻、恶心、反胃等症状，这些情况多是出现在用量比较大或者使用时间比较长的患者身上，通常停药之后这些副作用就会自行消退，黄连上清丸孕妇和哺乳期妇女不建议服用。

2、黄连上清丸是一种可以清热、解毒的中成药，另外还有一定的抗菌、抗病毒、抗风湿、活血、止痛的效果。黄连上清丸可以用于头晕、牙齿肿痛、口腔溃疡、口角生疮、咽喉肿痛以及便秘等上火的症状。