扣非亏损是一个财务用语，主要表示为上市公司在扣除非经常性损益后的净利润仍然为负数的意思。一般情况下，扣除非经常性损益后的净利润是判断上市公司经营业绩的重要指标，也是注册会计师在审计企业年度财报时的重点关注对象。