工伤赔偿协议起诉后是合同关系，工伤赔偿协议本身就是合同关系，它具有合同的特性并对双方有着约束力，这种约束并不具有法律上的强制性，而起诉并不当然的决定着协议的合同性质。

【法律依据】

根据《工伤保险条例》第五条，国务院社会保险行政部门负责全国的工伤保险工作。县级以上地方各级人民政府社会保险行政部门负责本行政区域内的工伤保险工作。