1、一是背鳍颜色不同，前者第一背鳍为黄色或蓝色，后者背鳍为红褐色；二是价值不同，前者要高于后者；三是大小不同，前者最大可达700多公斤，后者一般为40-60公斤。

2、蓝鳍金枪鱼是目前经济价值最大，体型最大的金枪鱼，而黄鳍金枪鱼则是目前产量最多的金枪鱼。

3、黄鳍金枪鱼：成鱼体长最大可达3米，体重可达225公斤，一般大的可达2米，重100公斤以上，体纺锤形，最大叉长可超过2米。蓝鳍金枪鱼：其长度一般为200厘米左右，最大可达458厘米，重量大约150公斤，最大可达684公斤。