公司设立瑕疵包括以下两种情形：

(1)主观瑕疵。是指发起人或股东个人的设立行为中存在的瑕疵，主要是指公司的发起人或股东本身的原因或其意思表示有缺陷。例如，发起人或股东没有行为能力或属于限制行为能力人;发起人或股东的意思表示不真实;发起人或股东明知其行为将侵害债权人利益而作出的设立意思表示等。

(2)客观瑕疵。是指设立行为本身的瑕疵，主要表现为设立行为违反法定条件和程序，或者其他强制性法律规定。例如，设立目的违法或违背公序良俗;发起人或股东不足法定人数;章程必须记载事项欠缺或记载违法;发起人未认足、缴足出资;公司组织机构不符合法律要求等。

法律依据：

《公司法》第六条

设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司;不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。