新车上牌照后，合格证原件放在车管所。根据我国法律规定，车管所主要负责承办机动车注册、变更、转移、抵押、注销登记。

【法律依据】

根据《中华人民共和国产品质量法》第十二条规定，产品质量应当检验合格，不得以不合格产品冒充合格产品。