农用微生物菌剂的菌含量，杂菌率等质量要求是最高的，但是没有有机质的要求。如果产品是生物有机肥，而一定要执行农用微生物菌剂的国家标准，等于是将产品的技术参数提高了10倍，同时原料必须经过高温灭菌才能保证杂菌率达标（一般的有机质中杂菌含量都超标）。这些都会大幅度增加成本。