农村医疗保险报销办理流程如下：

1、申报、登记：灵活就业人员凭本人身份证原件及复印件到市医疗保险局办理早报、登记手续。经审查合格后，办理人人医疗保险证、卡和专用处本。

2、核定缴费：市医疗保险局根据灵活就业人员申报、登记情况，按规定核定，填报《缴费核定单》。

3、缴费程序：灵活就业人员持市医疗保险局加盖核定专用章的《缴费核定单》，直接到市地税征收局纳税大厅缴费。费票由市地税征收局传到市劳动结算中心，市劳动结算中心传到市医疗保险局。市医疗保险局每月定期向劳动结算中心传递一次灵活就业人员缴费核定数据。

【法律依据】

《社会保险法》第二十八条规定，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。