除了陆龟与海龟以外，大部分的雄性爬行动物具有成对的管状性器官，称为半阴茎。陆龟与海龟则具有单一阴茎，所有的龟鳖目皆为卵生动物，而某些蜥蜴与蛇是卵胎生或胎生动物。爬行动物借由泄殖腔来交配繁衍，泄殖腔位于尾巴基部，可用来排泄与繁殖。爬行动物的蛋，外部是钙质蛋壳或皮革，覆盖者内部的羊膜，羊膜囊，以及尿囊。