工程合同上的反义居先的原则的含义是：当合同文件中有矛盾和含糊不清的时候，引起对合同条款的规定和理解有两种不同的解释的时候，应该与合同起草一方相反的意图优先解释合同中的条款，而不是以合同起草一方的所想的意图为准。