农信银中心成立于2006年。2006年4月12日，经中国人民银行批准，农信银资金清算中心正式成立，农信银资金清算中心的成立，对促进我国农村地区经济、金融发展，有效改善农村信用社、农村信用联社、农村商业银行、农村合作银行（统称“农信银机构”）系统内支付结算环境，具有十分重要的作用。

农信银资金清算中心（简称“农信银中心”）是经中国人民银行批准，由全国30家省级农村信用联社、农村商业银行、农村合作银行及深圳农村商业银行共同发起成立的全国性股份制金融服务企业。农信银中心引进国内外最先进的技术手段和设备，开发适应农村金融特点的资金清算系统，从根本上改善农村金融机构的支付结算环境。