芹菜催芽的适宜温度一般为15-20°C，经过7-10天左右即可发芽。芹菜种子在低于15°C的环境下其发芽时间会延长，而温度超过25°C时发芽率会显著降低，气温在30°C以上时几乎不会发芽。

芹菜的根系为浅根系，一般分布在7-36厘米的土层内，但多数根群分布在7-10厘米的表土层。由于根系分布浅，芹菜不耐旱。直播的芹菜主根系较发达，经移植的由于主根被切断而促进侧根发达，因而芹菜适宜育苗移栽或无土栽培。