1、形态特征不同。

荆芥穗：本品穗状轮伞花序呈圆柱形，长3～15cm，直径约7mm。花冠多脱落，宿萼黄绿色，钟形，质脆易碎，内有棕黑色小坚果。气芳香，味微涩而辛凉。

紫苏：多年生植物。茎坚强，基部木质化，多分枝，高40-150厘米，基部近四棱形，上部钝四棱形，具浅槽，被白色短柔毛。

2、产地不同。

荆芥穗：全国大部分地区均产，主产于江苏、浙江、江西等地。

紫苏：产新疆，甘肃，陕西，河南，山西，山东，湖北，贵州，四川及云南等地；自中南欧经阿富汗，向东一直分布到日本，在美洲及非洲南部逸为野生，模式标本采自欧洲。