益生菌与酵素的差别是酵素是一种酶，可以对人体产生各种化学反应，也是人体不可缺少的重要元素，而益生菌是改善肠道菌群的一种有益的活性微生物，定殖在人体内。

酵素是以动物、植物、菌类等为原料，添加或不添加辅料，经微生物发酵制得的含有特定生物活性成分（包括多糖类、寡糖类、蛋白质及多肽、氨基酸类、维生素类）的产品。