鸭疫苗接种可以采用注射及混饮的方法，常用肌内注射及皮下注射法，适用于各种灭活苗及弱毒苗的免疫接种。肌内注射时可选胸肌、腿肌，皮下注射可选胸部、颈背侧部。

饮水免疫前对水槽、饮水器彻底清洗，不应使用任何消毒剂或清洁剂冲洗饮水器，以免降低疫苗效价。一般情况下宜用深井水，不用自来水，因自来水常加有漂白粉，含有使疫苗失效的物质氯离子。