食品杀菌常用方法有水中细菌污染，空气中细菌二次污染，员工手部、设备、容器、工具、周转箱等二次交叉感染，包装材料被污染等。外界污染食品在加工过程中受到除自身原料、半成品以外的微生物污染。

食品杀菌就是以食品原料、加工品为对象，通过对引起食品变质的主要因素：微生物的杀菌及除菌，达到食品品质的稳定化，有效延长食品的保质期，并因此降低食品中有害细菌在存活数量，避免活菌的摄入引起人体（通常是肠道）感染或预先在食品中产生的细菌毒素导致人类中毒。