光敏色素的生理作用甚为广泛，它影响植物一生的形态建成，从种子萌发到开花、结果及衰老。

高等植物中一些由光敏色素控制的反应，如种子萌发 、小叶运动、光周期 、叶脱落、弯钩张开、膜透性 、花诱导 、块茎形成、节间延长 、向光敏感性、子叶张开 、性别表现、根原基起始、花色素形成 、肉质化 、叶片张开、叶分化和扩大 、质体形成 、偏上性 、节律现象；光敏色素接受光刺激到发生反应的时间有块有慢，快反应以秒计，如棚田效应和转板藻叶绿体运动。棚田效应指离体绿豆根尖在红光下诱导膜产生少量正电荷，所以能黏附在带负电的玻璃表面，而远红光则逆转这种黏附现象；慢反应以小时和天数计，例如红光促进莴苣种子萌发和诱导幼苗黄化反应。