个体小超市进行成本核算的方法如下：

1、商品进货时的价格、税金使用独立的账本记录在册；

2、开业期间的房租、水电费、管理人员的工资使用独立的账本记录在册；

3、开业期间的现金销售每天进行盘账，将现金销售流水资金使用独立的账本记录在册；

4、月底时将三本独立的账册进行整体核算，并将当月的成本核算结果记录在独立的账册。