杭州站与杭州东站主要区别在于位置不同、车站性质不同、成立时间不同。

1、所在地区不同：杭州站是指城站，在下城区，杭州东是指火车东站，在江干区。

2、车站性质不同：杭州东站（高铁站、枢纽站、中转站）；杭州站（客货站、高铁、普铁站）。

3、成立时间不同：杭州站始建于1906年11月14日（清光绪三十二年），时称清泰门站，是杭州建成最早的火车站之一。先后历经一次迁址，三次重建。1999年12月28日，第三次重建后的杭州站正式投入使用。杭州东站始建于1992年4月1日，于2008年12月27日进行改扩建。2013年7月1日，改建后的杭州东站正式投入运营。2014年1月1日，杭州东站西广场投入使用。

杭州站（城站）杭州站为城站，是老火车站。主要停靠普速列车，当然也有动车组列车，整点发车去上海的高铁，几乎全在杭州站。

杭州东站位于城东新城天城路1号，是杭州市的东大门，一座高度核心的客运特等站， 也是杭州目前接驳功能最为齐全的交通枢纽，是全国大型铁路枢纽站之一。

杭州东站为亚洲最大的铁路枢纽之一，同时也是沪杭高铁、宁杭高铁、商合杭高铁、杭甬高铁、杭长高铁、杭黄客运专线、杭福深客运专线的始发枢纽站。