如果车主购买了车辆损失险，保险公司是会赔偿的。车辆损失险保障范围包括保险车辆遭受保险责任范围内的自然灾害（不包括地震）或意外事故，造成保险车辆本身损失。车停在车库被水淹属于意外事故，所以会赔。不过要注意发现车被水淹后一定不要强行启动车辆。