隐形墨水的原理其实十分简单，主要是利用了化学反应中颜色变化的现象（一般常用的是酸碱指示剂在酸性溶液或碱性溶液中的颜色变化）。比如，常用来检验碱的酚酞溶液，一般是无色透明的溶液，但遇到碱性溶液时则会变成红色。除了此原理之外，也可以利用其他化学反应来制作隐形墨水，比如沉淀反应、络离子形成反应等。

隐形墨水是利用酸碱指示剂在酸性或碱性溶液中的颜色变化，应用化学变化中的酸碱中和之原理和其它的化学反应—如沉淀反应、氧化还原、络离子形成及催化反应等现象配制的。为了进一步揭开隐形墨水的秘密，以下仅以酸碱型、沉淀型、络离子型、氧化还原型及催化型等五种隐形墨水的配制与使用加以说明供作参考。