黑水县地势由西北向东南倾斜，平均海拔3544米，最高海拔5286米，最低海拔1790米。县城芦花海拔2350米，高差1000～2000米等。境内群山屹立，山峦起伏，雪峰对峙，河谷深切。海拔5200米以上雪峰4座。色尔古河坝最低，海拔1790米，境内岷江上游三条支流黑水河、毛儿盖河、小黑水河和48条溪流形成网系。