通常认为三级结构就有生物活性。比如催化结构域、底物结合结构域等，单独拆分之后，仍保留一定的生物活性。只有保持完整的蛋白质四级结构，这个蛋白质才能完全的发挥其应有的功能。但是只有非常巨大的蛋白质才有四级结构的，比如阿尔法螺旋，或者贝塔折叠等二级结构的变化，就能够影响一小部分生物功能，有最近的研究表明酶的某个loop环的改变能够影响蛋白质是否还有催化功能。